Extraction, purification or quantitation of DNA and RNA samples

La Unidad de Genómica es parte integrante de los Servicios de Apoyo a la Investigación del centro. Se encuentra ubicada en el PT de Ciencias de la Salud de Granada, lo que le proporciona un enclave privilegiado para la cooperación e interacción científica con multitud de grupos de investigación en el sector biosanitario. El objetivo principal de la Unidad es prestar soporte científico y tecnológico en el área de la genómica a los grupos de investigación en el ámbito nacional que lo requieran, así como la implementación de nuevas tecnologías y protocolos de utilidad para el desarrollo de la actividad científica. Entre los servicios ofertados se cuentan: secuenciación de DNA, análisis de fragmentos de DNA, purificación automática de ácidos nucléicos, síntesis de oligonucleótidos y análisis de calidad de RNA. Asímismo, la Unidad desempeña labores de formación y asesoramiento del personal investigador y colabora activamente en tareas de divulgación científica.

En el Servicio de Biología Molecular Marina se desarrolan diferentes técnicas de biología molecular basadas en el estudio de los ácidos nucléicos de organismos marinos. El servicio consta de quatro termocicladores, equipos de electroforesis, equipo qPCR (Cfx, Biorad), equipo para geles PFGE (CHEF DR-II, Biorad), equipo Gel Doc con software de análisis (iBright CL 1500, Invitrogen), fluorómetro (Qubit Q32857, Invitrogen), espectrofotómetro UV-Vis (NanoDrop One,Thermo Scientific) y analizador de biomoléculas (QSep100, Bio Optic) Además, consta de otros equipos necesarios como centrífugas, horno de hibridación, baño térmico, incubador térmico, desecador con bomba de vacío, campanas de flujo laminar, microondas, vórtex y placa agitadora/calefactora, entre otros, para el desarrollo de los diferentes protocolos.

El Servicio de Genómica y Secuenciación Masiva del CBMSO es responsable de la implementación y desarrollo de tecnologías de biología molecular y genómica. La filosofía del servicio radica fundamentalmente en adaptarse lo más posible a las necesidades del usuario. Por ello, el modelo de funcionamiento es muy abierto y se basa en dos aspectos principales: la atención individualizada (tanto en diseño como realización y análisis de experimentos) y la posibilidad de uso autónomo (mediante reserva electrónica) de la mayoría de los equipos adscritos al servicio. Esto permite al usuario decidir su nivel de implicación en cada proyecto según sus necesidades y circunstancias.

El servicio de transgenesis es una unidad compartida entre el CNB y CBMSO e integrada en el Campus Internacional de Excelencia UAM+CSIC. Su mision es apoyar a los grupos de investigación en la creación establecimiento o intercambio de estirpes de raton genéticamente alteradas. La unidad ofrece asesoramiento cientifico y técnico para la obtención del modelo de raton mas adecuado, bien por transgénesis aditiva o mutagénesis dirigida (modelos KO, KI o condicionales) con células ES o mediante edicion genetica (CRISPR). La unidad también realiza rederivaciones sanitarias para incorporar lineas procedentes de intercambios cuyo estado sanitario impide la entrada directa, genotipaciones bajo demanda, edicion genetica de lineas celulares y obtencion de embriones y líneas ES. Se cuenta con un laboratorio de microinyección y electroporacion, laboratorio de cultivo de células ES y laboratorio de biologia molecular, asi como espacio asignado en los animalarios de ambos centros CNB y CBMSO.

Esta Unidad tiene por objeto dar apoyo a todos los investigadores del Centro de Investigación del Cáncer que realizan experimentación con modelos de ratón y cuyos proyectos cuentan con la autorización del Comité de Bioética de la Universidad de Salamanca y de la Consejería de Agricultura y Ganadería de la Junta de Castilla y León. Este apoyo se ejerce a 3 niveles: 1. Tareas en el animalario: mantenimiento de las colonias de animales, administración de sustancias y recolección de muestras de sangre. 2. Tareas en el laboratorio: genotipado de los ratones mediante PCR y electroforesis en gel de agarosa 3. Tareas administrativas: Actualización del software Raton Manager, utilizado en el CIC, que permite mantener toda la información sobre las colonias de animales. Envío de un informe a los usuarios con los datos sobre los nuevos destetes. La Unidad está en proceso de obtención de la Certificación de Calidad ISO9001.

El servicio ofrece apoyo a la investigación y asesoramiento en el empleo de técnicas moleculares para abordar cuestiones evolutivas, biogeográficas, ecológicas y de conservación y gestión de la biodiversidad. El servicio está preparado para la conservación de muestras de estudio (invasivas y no invasivas), extracción de ADN/ARN, puesta a punto y optimización de marcadores, amplificación por PCR, realización de electroforesis y análisis de geles, y preparación de muestras para su posterior secuenciación/genotipado. Igualmente, se ofrece servicio de análisis bioinformáticos a partir de los resultados obtenidos, así como asesoramiento y colaboración a la hora de interpretar los resultados. El servicio está concebido para colaborar activamente en el desarrollo de distintos estudios relacionados con la ecología molecular. Se ofrece, además, la posibilidad de realizar muestreos de campo para la toma de muestras biológicas y su posterior análisis en el laboratorio.

La UBMC es una Unidad de apoyo a la Investigación tanto de equipamiento para distintas tareas experimentales así como de realización de trabajos de experimentación relacionadas con la Biología Molecular y Celular. Nuestro apoyo Técnico abarca desde el entrenamiento correcto y eficaz de los nuevos usuarios en el uso de los diferentes equipos que componen la Unidad, hasta la revisión, calibración y mantenimiento de dichos equipos. Nuestro objetivo principal es dar apoyo científico-técnico a través de nuestros Servicios al Instituto Cajal como de otros Organismos públicos o Instituciones privadas que requieran nuestros servicios. Además de los Servicios ofrecidos existe la posibilidad de solicitar Servicios “a la carta” con total flexibilidad y adaptabilidad a las necesidades de cada usuario. También son posibles todo tipo de Consultas técnicas y científicas relacionadas con la Biología Molecular y Celular. El usuario tiene el derecho y el deber de conocer la normativa.

El Servicio de Genómica fue creado en el año 1994 para apoyar con técnicas genómicas la tarea investigadora del personal del IIBm. Además, nuestro laboratorio ofrece su servicio a cuantas instituciones públicas o privadas pudieran necesitar de estas técnicas como apoyo a su investigación o al diagnóstico. El Servicio dispone de un sistema de gestión de calidad conforme con la Norma UNE-EN ISO 9001:2000. El Servicio pertenece a la red de laboratorios de la CAM. Nº de registro:281.

Se ofrecen instalaciones, equipamiento, soporte técnico, formación y recursos analíticos al personal del centro. Estas infraestructuras y recursos humanos se usan en proyectos de investigación con diferentes objetivos que abarcan todo el espectro de ecología molecular: identificar el sexo de los individuos, identificar individuos de poblaciones salvajes mediante sus heces, determinar relaciones de parentesco entre individuos, detectar cambios demográficos a partir de marcadores neutrales o utilizar marcadores de genes bajo selección para entender procesos evolutivos. Los marcadores nucleares se pueden desarrollar, optimizar y tipar para conocer mejor las relaciones entre individuos, poblaciones y especies. Se ofrece asimismo la posibilidad de secuenciar tanto genes diana mediante secuenciación Sanger como secuenciación de nueva generación de genomas enteros para estudios de genética poblacional, genética funcional y filogenias. las técnicas basadas en ARN están actualmente en expansión

La secuenciación masiva (Next Generation Sequencing) permite estudiar los genomas a un nivel de resolución imposible de abordar con las tecnologías de genómica tradicionales. La secuenciación masiva permite: • Secuenciación rápida de genomas completos (reordenamientos y duplicaciones). • Mayor profundidad en el análisis de regiones diana específicas para la detección de variantes poco frecuentes. • Secuenciación de transcriptomas completos y detección de variantes de RNA y sitios de procesamiento alternativo. • Análisis de metilomas completos o de interacciones del DNA con proteínas. • Estudio de la diversidad microbiana en humanos o en el medio ambiente

Las tecnologías ómicas son aquellas basadas en metodologías que permiten la obtención de grandes cantidades de datos acerca uno o millones de analitos de una muestra o de millones de células independientemente, con el objetivo de obtener una visión global y a la vez profunda de los cambios moleculares asociados a un estado fisiológico o patológico. El laboratorio de tecnologías ómicas, pretende aportar estas tecnologías a los estudios en neurociencia que se realizan en el CSIC y en nuestro entorno. El laboratorio está equipado con lo necesario para hacer estudios de secuenciación masiva tanto de genomas completos, como de transcriptomas de tejido completo o de célula única y el análisis bioinformático de los resultados gracias a nuestra unidad de bioinformática integrada en nuestro laboratorio.

El servicio de Biología Molecular Marina del IEO de A Coruña permite la aplicación de técnicas de biología molecular basadas en el análisis del contenido de ácidos nucleicos (ADN y ARN) y las secuencias de nucleótidos que representan la estructura de dichos ácidos nucleicos, que nos permiten analizar su identidad (ADN), actividad (ARN) y el rol en el funcionamiento de los ecosistemas marinos. Además, se preparan las muestras para analizar genes específicos (ejemplos de trabajos de investigaciones previas: amoA, nifH) para estudiar su función en procesos biológicos clave en ecosistemas marinos. Este servicio da soporte a los investigadores del COAC-A Coruña del Centro Nacional del Instituto Español de Oceanografía (IEO) y de otros centros del IEO, así como a usuarios externos, y también ofrece formación de estudiantes. El responsable del laboratorio es el encargado de garantizar el equipamiento, recursos técnológicos y materiales para el procesado de las muestras.

El Servicio de Toxicogenómica Ambiental ofrece un equipamiento y un personal altamente especializado que permite la aplicación de varias técnicas: • Extracción y cuantificación de ARN y ADN • Control de calidad de ARN • Electroforesis en gel de agarosa • Detección de genes • Análisis de expresión génica • Análisis de variación genética. Además, el STA ofrece la posibilidad de estudiar la toxicidad de un compuesto, mezcla o muestra siguiendo las pautas de la OCDE, como Ensayo de Toxicidad Aguda en Embriones de Pez Zebra; Test de Reproducción en Daphnia magna; Test de inmovilización aguda en Daphnia sp.; y Test de inhibición del crecimiento en algas. Además, el STA ofrece una plataforma de lipidómica para analizar al composición en lípidos de muestras biológicas, que incluye extracción, análisis y procesado de datos. También se ofrecen ensayos in-vitro (lineas celulares de peces y humanas) para detectar disruptores endocrinos que modulan el balanc

El servicio de secuenciación del CISA permite potenciar los estudios moleculares dirigidos a la diagnosis y prevención de patógenos animales de alto riesgo y con gran impacto económico; así como también los estudios moleculares derivados de la investigación básica. El laboratorio ofrece su servicio a cuantas instituciones públicas o privadas pudieran necesitar de estas técnicas como apoyo a su investigación o al diagnóstico.

El Laboratorio de Sistemática Molecular (LSM) del Real Jardín Botánico de Madrid (CSIC), se creó en 1997 con la finalidad de aplicar técnicas de biología molecular al estudio de la biodiversidad vegetal y fúngica desde tres disciplinas principales: 1.Sistemática (Taxonomía y Filogenia) 2.Biología Evolutiva 3.Ecología La incorporación de la biología molecular en los estudios sistemáticos, ha contribuido a ampliar la comprensión de la historia evolutiva (Biogeografía, Ecología Evolutiva, Biología de la Conservación). Desde su creación el LSM ha sido un apoyo fundamental clave en la producción científica, que incluye un gran número de artículos científicos en revistas de alto impacto. Las técnicas en biología molecular utilizadas en el laboratorio : • Extracción de ADN de plantas y hongos • Amplificación de ADN nuclear y citoplásmico mediante PCR • Purificación de productos amplificados • Clonación de genes • Técnicas fingerprinting RFLP, AFLP, etc

El servicio de edición genética de ratón es una unidad compartida entre el CNB y CBMSO e integrada en el Campus Internacional de Excelencia UAM+CSIC. Su misión es apoyar a los grupos de investigación en la creación de líneas de ratón genéticamente alteradas. La unidad ofrece asesoramiento científico y técnico para la obtención del modelo de ratón más adecuado, bien por transgénesis aditiva o mutagénesis dirigida (modelos KO, KI o condicionales) con células ES o mediante edición genética (CRISPR). La unidad también da apoyo al animalario del CBM en rederivaciones sanitarias para incorporar lineas procedentes de intercambios cuyo estado sanitario impide la entrada directa, genotipaciones bajo demanda, edición genética de líneas celulares y obtención de embriones y líneas ES. Se cuenta con un laboratorio de microinyección y electroporacion, laboratorio de cultivo de células ES y laboratorio de biología molecular, así como espacio asignado en los animalarios de ambos centros CNB y CBM

Este servicio dispone de la infraestructura necesaria para implementar protocolos de Barcoding, Metabarcoding y Metagenómica. Se ofrecen los siguientes servicios: i) Extracción, purificación y cuantificación de ADN ii) Barcoding de metazoa iii) Metabarcoding de Metazoa iv) preparación de librerías ddRADseq. Equipamiento disponible: KingFisher Flex, Tecan Feedom EVO 150 workstation, Infinite® MNano+, Agilent Bioanalyzer 2100, BluePippin

El servicio emplea técnicas moleculares para abordar fundamentalmente el estudio de procesos evolutivos, centrados en la Sistemática (taxonomía y filogenia) y el análisis de variación genética para determinar la estructura poblacional, en la mayoría de los casos, con fines de conservación y gestión de especies. De esta forma, el laboratorio está preparado para conservar las muestras de estudio, extraer ácidos nucleicos (ADN y ARN) y proteínas, amplificar por PCR y clonación, analizar geles, preparar las muestras para su secuenciación, o analizar a tiempo real la amplificación de distintos marcadores moleculares. Aunque el laboratorio ha sido concebido para ser un servicio de usuarios, sus técnicos están preparados para dar formación, orientación y colaborar en el desarrollo de distintos estudios. De esta forma, visitantes de otros centros, apoyados por el personal del MNCN, tienen acceso al uso de este laboratorio.

El Servicio científico-Técnico de Genotipado Molecular es un servicio de creación reciente en el IPE-CSIC, diseñado para la realización de trabajos moleculares y asesoría cualificada. El servicio está orientado a trabajos de metabarcoding, filogenias moleculares, genética de poblaciones, biogeografía, transcriptómica, etc... y para ello se ofrecen servicios específicos de extracción de ADN en diferentes modalidades, cuantificación de ácidos nucleicos y asesoría científico técnica. El Servicio C-T de Genotipado Molecular dispone del equipamiento básico necesario para poner a punto técnicas de trabajo con ADN (extracción, cuantificación y amplificación), así como la preparación del material orientado a técnicas de Secuenciación de Nueva Generación (preparación de librerías, incubaciones de restricción o hibridaciones y enriquecimientoS). Actualmente, los análisis de genotipado molecular son una herramiento básica en botánica, ecología o zoología.

El Servicio de Citometría (SGC) es una plataforma de investigación común de uso abierto a todos los miembros del Instituto (Centro de Investigación del Cáncer) así como a otros grupos clínicos y de investigación externos. Su objetivo es apoyar la investigación y la educación en citometría. Las actividades más relevantes incluyen el análisis y clasificación celular con fines de investigación, con más de 50 técnicas diferentes actualmente establecidas y disponibles en el área de inmunofenotipado, análisis del ciclo celular, apoptosis, resistencia a fármacos y cribado, cuantificación de proteínas fosforiladas y sus vías de señalización intracelular asociadas, entre otras. Además, proporciona pruebas de apoyo al diagnóstico de cáncer que sirven de plataforma común para el diagnóstico inmunofenotípico de leucemias y linfomas para el RTICC español del Instituto de Salud Carlos III. Paralelamente, en el SGC hay varios proyectos de investigación en curso orientados a la tecnología.