Bioinformatic anaysis for the statistical processing of metabolomics results

La Plataforma de Metabolómica CIAL es un servicio de análisis enmarcado en el Campus Internacional de Excelencia de la Universidad Autónoma de Madrid (UAM) y el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC). Se encuentra situada en el Instituto de Investigación en Ciencias de la Alimentación (CIAL) y tiene como misión el desarrollo analítico avanzado del metaboloma en matrices biológicas complejas, ofreciendo estrategias de análisis basadas en técnicas cromatográficas, espectrometría de masas de alta resolución, procesado avanzado de datos y análisis estadístico multivariante, entre otros. La Plataforma de Metabolómica ofrece servicio a todos los miembros de la comunidad científica (dentro y fuera del campus UAM-CSIC), así como a empresas que lo soliciten, anunciando sus servicios en la web: http://www.cial.uam-csic.es/metabolomics.html

El laboratorio está dedicado al análisis de datos de estudios de metabolómica dirigida y no dirigida, obtenidos mediante técnicas cromatográficas y espectroscópicas. El pre-procesado de datos se realiza mediante un flujo de trabajo que comienza con 1) la detección y deconvolución de las señales obtenidas, mediante algoritmos adecuados y su alineado, 2) la normalización y transformación de los datos pre-procesados y 3) la obtención de la matriz de datos 1D, 2D o 3D. Posteriormente, se realiza el estudio estadístico adecuado (univariado, multivariado, PCA, PLS-DA, clúster...) para obtener una visualización espacio-temporal de los datos. Finalmente, el servicio ofrece la aplicación de técnicas de visualización de datos para diseñar la representación gráfica idónea que permita la exposición de la información adquirida.

Se ofrecen análisis de metabolitos y material genético en muestras vegetales. Se dispone de instrumentación, programas informáticos, bases de datos, protocolos, información, experiencia y conocimientos técnicos. La plataforma metabolómica, consistente en un UHPLC-MS Q-TOF y paquetes bioinformáticos, fue instalada en junio del 2021. La sección de genómica esta especializada en la aplicación y desarrollo de herramientas moleculares útiles para la mejora genética de cebada, especies frutales y vid. Las prestaciones disponibles son: - Análisis metabolómico mediante LC-Q/TOF MS - Análisis bioinformático de los resultados de metabolómica - Análisis HPLC-MS - Análisis de compuestos por UHPLC-MS-MS-Q-TOF - Estudios de DNA y RNA - Estudios de expresión génica: microchips de DNA y RT-PCR, ddPCR - Genotipificación, SNP, CNV - Asesoramiento de biología molecular en proyectos de mejora vegetal - Identificación molecular de especies - Identificación molecular de poblaciones