Proteomic quantitative analysis by TMT

Creado en 1999, el servicio de Proteómica del CNB mantiene una plataforma tecnológica para la identificación y caracterización masiva de proteínas, ofreciendo sus servicios tanto al CNB como a investigadores externos. El análisis masivo de proteínas (LC-MS/MS) se lleva a cabo mediante cromatografía nano-HPLC multidimensional acoplada a dos espectrómetros de masas modelo Thermo Orbitrap Explorios OE240 a un instrumento MALDI TOF/TOF MS. La proteómica diferencial o cuantitativa se realiza mediante previo marcaje isotópico estable, metabólico (SILAC) o químico (TMT) en combinación con análisis LC-MS/MS. Podemos realizar análisis dirigido PRM-MS (parallel reaction monitoring), y DIA (Data Independent Acquisition) . Enriquecimiento específico de modificaciones postraduccionales, particularmente fosfopéptidos, seguidos de análisis LC-MS/MS. Análisis de gluten en alimentos mediante la caracterización de prolamina.

La investigación Proteómica implica la identificación y la caracterización de todo el perfil proteico de una célula, tejido u organismo, en un contexto espacial y temporal. El estudio incluye isoformas, mutantes, modificaciones e interacciones proteína-proteína/s. La trayectoria del Servicio de Proteómica ha sido paralela a la evolución de la comunidad científica, y sus objetivos son ofrecer soporte científico-técnico al investigador, con métodos apropiados para la preparación de la muestra y diseñando un flujo de trabajo para cada objetivo. Se utilizan todas las técnicas y equipamiento disponibles, se implementan mejoras en los protocolos, y se interpretan y analizan los resultados obtenidos. La cartera de servicios (a grupos del CBM-SO y a externos) es amplia, desde la confirmación de la secuencia de una proteína recombinante, a la cuantificación relativa de proteomas, la caracterización de modificaciones post-traduccionales y de mutaciones, de interactomas o la secuenciación De Novo

PROTEÓMICA El equipamiento actual del Servicio es el siguiente: 2 unidades de isoelectroenfoque Protean IEF cell (BIO-RAD), para la primera dimensión de los geles 2D en tiras de 7 cm de diferentes rangos de pH: 3-10 no lineal, 3-10-lineal y 4-7 lineal. 1 Cubeta multigel Miniprotean Dodecacell (BIO_RAD), para la electroforesis simultánea de hasta 12 geles de 8 x 7 cm. Espectrómetro de masas MALDI-TOF-TOF Autoflex III (Bruker).. Espectrómetro de masas Q-Exactive (Thermo Scientific) dotado de una fuente de ionización nano conectada en línea a un nano-UPLC Easy-LC 1000.

Laboratorio de Análisis Proteómico provisto de la tecnología necesaria para el análisis cualitativo y cuantitativo de proteomas a gran escala así como para la identificación y cuantificación de péptidos y proteínas diana. El laboratorio ocupa un espacio de 90 m2 en el que se disponen 4 espectrómetros de masas (4800 MALDI-TOF/TOF, Quantum Triple Quadrupole , LTQ Velos Linear ion trap y Orbitrap XL), diversos sistemas acoplados para cromatografía líquida convencional y nanocapilar (2xAgilet 1200, 2X Agilent 1100) y un sistema de IEF preparativo (IEF off-gel). Dispone asimismo de un robot para digestión automática (DigestPro MS, Intavis) y de los sistemas necesarios para la realización de geles 2D de tamaño pequeño y grande (2 x IPGphor y 2 x Ettan Dalt VI (GE), Protean y MiniProtean (BioRad)) así como para la adquisición y análisis de las imágenes (Scanner y SameSpots software). Dispone asimismo de aparataje propio necesario para el trabajo diario (centrífugas, arcones, etc).