Administración de sistemas de computación científica

Actualmente la instalción del CBLab ocupa una sala climatizada que alberga un "cluster computer" con 284 cores de ejecución, 2,5 Terabytes de memoria RAM y 44 Terabytes de capacidad de almacenamiento en disco duro. El sistema operatio es el Biolinux8 (soportado en Ubuntu 12.04 LTS Server) Linux x64, y un administrador de la cola de espera del sistema "Sun Oracle GridEngine". El cluster puede albergar entre 70-100 usuarios registrados, las principales funcionalidades del cluster son el "code storage" (gitlab), análisis bioinformáticos, generación de modelos ecológicos y servicio de mapeado online de 5-10Gb Ethernet. Los lenguages que admite son R, Matlab, C/C++, Java, Python, SQL y PHP. Dos téccnicos están al cargo de todo el servicio informático, añadir/eliminar software, control y ayuda de los usuarios para paralelizar adecuadmente y/o optimizar los procesos y rutinas de computación. El cluster provee también servicio a científicos externos del CEAB mediante el pago de cuotas.

El servicio se compone de un equipo de almacenamiento de datos con doble redundancia de 8Tb y un total de 41 nodos de cálculo con un total de 430 núcleos de procesadores Intel Xeon y 4 GPUs Nvidia 1070 y 1080/i, de los cuales 16 equipos están interconectados por una red Infiniband de 40 Mbytes/s. Tiene instalado Gaussian 03, LAMMPS, GROMACS, CPMD, VASP 5.3, WIEN200K, y corre bajo CentOS 6.3.

El Servicio de Bioinformática Marina (SBM) ofrece soluciones integradas para la gestión, almacenamiento y análisis de datos de secuenciación masiva de ADN de microorganismos marinos, aunque por su infraestructura y funcionamiento, puede también abrirse a otros organismos marinos (peces, cnidarios, etc). El núcleo del servicio es un cluster de computación IBM IDataPlex con 288 unidades de proceso y 1000 GB de RAM en 12 nodos de computación, escalable a 40 nodos, así como un servidor DELL PowerEdge T710 con 16 CPU y 16 GB de RAM y un servidor de backup Supermicro 6047R-E1R36N con 48 TB de almacenamiento. El SBM puede desde realizar análisis completos de datos de secuenciación, a la formación en biología computacional de sus usuarios, pasando por la gestión y desarrollo de software a medida.