Bioinformatic assistance for Genomics and Proteomics projects

Idiomas: EN, ES, FR. Bioinformática: análisis de datos procedentes de secuenciación masiva (NGS), metagenómica, análisis, anotación y ensamblaje de genomas, filogenia, etc. Biocomputación: Modelado y simulación de macromoléculas, e interacciones moleculares, dinámica molecular, docking, análisis de afinidad por drogas, modelos de química cuántica. Computación Científica: modelos matemáticos, estadísticos y epidemiológicos complejos. Desarrollo y programación científica: (+20 lenguajes, web, paralela y distribuída) Formación: Realización de cursos de ámbito internacional en los temas de experiencia del servicio, tales como: Bioestatistics, Phylogeny, Metagenomics, Programming, Molecular Modeling. Coordinación: coordinación con otros servicios, instituciones y grupos de investigación a nivel internacional. Equipamiento: Equipo de cómputo dedicado, acceso a los clusters del CNB, del CSIC y del CESGA. Servidor web: sci.cnb.csic.es free-bit.org

El SHV reúne el equipamiento necesario para analizar parámetros de historia vital en peces, así como personal especializado. El servicio se articula en torno a siete áreas: • Histología: corte a 3 micras en parafina y tinción HE de gónadas de peces. Otras tinciones histoquímicas. • Parámetros reproductivos: ciclo sexual, estrategia reproductiva, y determinación del tipo fecundidad. • Esclerocronología: edad anual o diaria mediante el uso de otolitos enteros o en secciones ultrafinas. • Análisis de imagen: cuantificación y análisis de gónadas de peces. Dendrocronología en otolitos de peces. Generación de imágenes multienfocadas. Generación de imágenes en mosaico de alta resolución. • Ecología molecular: amplificación de material genético (PCR, qPCR), Genotipificación, SNP, CNV. • Telemetría acústica

Los actuales avances en las tecnologías relacionadas con la genómica, como los microarrays de ADN o, más recientemente, la secuenciación masiva de ADN y ARN, permiten a los investigadores recopilar enormes cantidades de datos genómicos en muy poco tiempo y a un coste relativamente bajo. Para transformar los datos (crudos) en resultados y éstos, en conclusiones biológicas de relevancia, se requiere integrar conocimientos cientifico-técnicos específicos en el ámbito de la biología, la bioestadística y la informática, así como el uso de equipos y métodos computacionales especiales. El servicio BioinfoGP del CNB-CSIC proporciona a los investigadores un soporte bionformático global para el análisis, la visualización y la interpretación de los datos obtenidos en sus proyectos de Genómica.

El grupo de inmunología y genómica tiene como objetivo incrementar el conocimiento sobre transcriptómica y proteómica de la respuesta inmune de peces y moluscos frente a patógenos. Además intentamos identificar genes que se puedan emplear como marcadores en procesos de selección genética y mejorar la respuesta inmune mediante el uso de inmunoestimulantes y vacunas. También prestamos apoyo a los investigadores en el análisis e interpretación de datos obtenidos mediante técnicas experimentales de secuenciación masiva.

Creado en 1999, el servicio de Proteómica del CNB mantiene una plataforma tecnológica para la identificación y caracterización masiva de proteínas, ofreciendo sus servicios tanto al CNB como a investigadores externos. El análisis masivo de proteínas (LC-MS/MS) se lleva a cabo mediante cromatografía nano-HPLC multidimensional acoplada a dos espectrómetros de masas modelo Thermo Orbitrap Explorios OE240 a un instrumento MALDI TOF/TOF MS. La proteómica diferencial o cuantitativa se realiza mediante previo marcaje isotópico estable, metabólico (SILAC) o químico (TMT) en combinación con análisis LC-MS/MS. Podemos realizar análisis dirigido PRM-MS (parallel reaction monitoring), y DIA (Data Independent Acquisition) . Enriquecimiento específico de modificaciones postraduccionales, particularmente fosfopéptidos, seguidos de análisis LC-MS/MS. Análisis de gluten en alimentos mediante la caracterización de prolamina.