Microarrays para estudios de reconocimiento molecular

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Desde el 2022 el servicio también cuenta con un escáner lector de microarrays, INNOSCAN 710. El aparato permite la lectura de arrays en soporte portaobjetos de medidas estándar (1.75 mm x 25 mm x 1.3 mm). Cuenta con dos canales de excitación (532 y 635) y detección confocal a tiempo real mediante dos fotomultiplicadores.

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La tecnología de los microarrays es una herramienta de alto rendimiento que permite el análisis simultáneo de una gran cantidad de interacciones biomoleculares utilizando cantidades muy pequeñas de muestra. La plataforma de microarrays del IQFR proporciona un servicio a medida que ofrece la posibilidad de preparar microarrays de diseño, imprimiendo en los arrays las muestras de interés para un determinado estudio. Se puede imprimir un amplio repertorio de muestras, desde biomoléculas purificadas (proteínas, lípidos o carbohidratos) hasta muestras más complejas, como extractos o fracciones celulares, e incluso vesículas extracelulares y células enteras de bacterias o levaduras. Por lo tanto, se pueden realizar una gran diversidad de estudios de reconocimiento funcional y molecular, que abarcan desde estudios sobre parejas de receptor-ligando concretas o evaluación de compuestos como inhibidores de estas interacciones, hasta el análisis de grandes colecciones de muestras clínicas. La aproximación consta de tres pasos principales: la preparación de muestras para la impresión de microarrays, la impresión y el control de calidad de los microarrays generados, y los ensayos de validación y unión a microarrays (Methods Enzymol 2018;598:37-70 y Methods Mol Biol 2022;2460:147-60). La impresión manual o robótica y los protocolos a seguir en cada paso se establecen en función de la cantidad y el tipo de muestras a imprimir y del número de ensayos requeridos. La plataforma de microarrays proporciona un servicio personalizado que ofrece la posibilidad de generar microarrays de "diseño" y ejecutar una diversidad de ensayos de unión. Las aplicaciones pueden incluir, entre otras, la caracterización de las muestras impresas (denominadas sondas), el análisis de la capacidad de unión de muestras de interés (denominadas dianas) a determinadas sondas o la evaluación de compuestos como inhibidores de interacciones sonda-diana. En los procedimientos estándar, se utiliza el sistema biotina-estreptavidina para detectar la unión. Para ello, el servicio de microarrays proporciona estreptavidina marcada con Alexa Fluor 647 y diferentes anticuerpos primarios y secundarios. El servicio también ofrece librerías de glicoproteínas y (lipo)polisacáridos que se pueden usar como sondas, un panel de más de 40 lectinas de especificidad de unión a carbohidratos conocida para el análisis de patrones de glicosilación de las sondas, y una amplia colección de lectinas humanas del sistema inmune innato para evaluar el potencial de las sondas para servir como ligandos para estas lectinas. El servicio incluye: diseño experimental, preparación de muestras, impresión de los microarrays, realización de los ensayos de unión y cuantificación de los resultados. El análisis e interpretación de los mismos no se incluye en las tarifas y sólo se realiza en calidad de colaboración científica. Las tarifas del servicio se desglosan en tres tipos de servicio en función del tipo de muestra (bacteria o no) y del tipo de sistema utilizado (arrays manuales o impresos con el robot). La selección de muestras a incluir en los microarrays se realizará en función del caso a investigar, pudiendo incluir muestras específicas aportadas por el contratante del servicio. Para conocer los volúmenes de muestra y concentraciones requeridas, así como para acordar las condiciones del ensayo de unión es necesario ponerse en contacto con los responsables del servicio, ya que estos datos dependerán del tipo de muestra. Más información y datos de contacto en: https://mabio.iqfr.csic.es/en/service/technique