El Consejo Superior de Investigaciones Científicas se estructura en órganos de gobierno, órganos ejecutivos y órganos de asesoramiento y apoyo.
La actividad investigadora se desarrolla a través de los centros, institutos y unidades –propios o mixtos en colaboración con otras entidades– para cuyo funcionamiento se dotarán de órganos de dirección, gestión y asesoramiento.