ECOBIOMAR trabaja con la biodiversidad, en particular de especies ingenieras (zooplancton), emblemáticas (cefalópodos) y patógenas (parásitos), pero también con la biodiversidad ambiental críptica en los sistemas socio-ecológicos marinos.

El laboratorio está interesado en comprender los aspectos funcionales de la expresión génica a nivel de todo el genoma, en diferentes organismos y en relación con procesos patológicos. El grupo ha desarrollado métodos estadísticos y herramientas de software que analizan los aspectos dinámicos de los transcriptomas, los integran con otros tipos de datos moleculares y los anotan funcionalmente, con un enfoque especial en datos de Secuenciación de Nueva Generación (NGS).