PRE2023 - Desarrollo de Herramientas para Anotación de Genomas en Especies Cultivadas - PID2022-142508NB-I00

El contrato predoctoral estará asociado al proyecto titulado “Desarrollo de un Paquete de Herramientas de Análisis de K-mers para la Evaluación y Mejora de la Anotación de Genomas de Especies Cultivadas (KATULU)”. Este proyecto tiene como objetivo el desarrollo de herramientas bioinformáticas para mejorar la anotación de los genomas de las especies cultivadas usando metodologías de Aprendizaje Profundo y Teoría de las Información. La anotación de un genoma es el proceso por el cual se identifican las regiones de un genoma asociadas a propiedades como codificación de genes y elementos transponibles (anotación estructural) y se asocian funciones a las mismas (anotación funcional). Aunque existen varias herramientas para realizar anotaciones, casi no existen herramientas dirigidas a evaluar la calidad de estas. El proyecto se divide en dos partes. En la primera se estudiará las propiedades de K-mers en relación con distintos parámetros de calidad de las anotaciones estructurales de los genomas para desarrollar mejores herramientas de evaluación. La segunda parte está centrada en la integración de distintas capas de información a fin de mejorar la anotación funcional de los modelos génicos. El investigador predoctoral se formará en el uso de herramientas bioinformáticas de anotación de genomas, programación, inteligencia artificial y teoría de la información. También deberá desarrollar habilidades de interpretación crítica de los resultados y escritura de artículos.